shmir.tests package

Submodules

shmir.tests.test_db module

class shmir.tests.test_db.TestBackboneModel(methodName='runTest')

Bases: shmir.testing.TestModelBase

test_adjusted_frames()

test_reverse_complement()

test_template()

class shmir.tests.test_db.TestModelBaseCase(methodName='runTest')

Bases: shmir.testing.TestModelBase

class TestModel(**kwargs)

Bases: sqlalchemy.ext.declarative.api.Base

id

TestModelBaseCase.test_get_and_put_to_db()

shmir.tests.test_ncbi_api module

class shmir.tests.test_ncbi_api.TestGetDataFromNcbi(methodName='runTest')

Bases: unittest.case.TestCase

BAD_MNRA = 'NC_000071.6'

DATA_BASE = 'nucleotide'

GOOD_MRNA = 'NM_001128164.1'

test_get_data(*args, **keywargs)

test_get_mRNA(*args, **keywargs)

test_incorrect_get_mRNA(*args, **keywargs)

test_no_results_get_mRNA(*args, **keywargs)

shmir.tests.test_validators module

class shmir.tests.test_validators.TestTranscriptValidators(methodName='runTest')

Bases: unittest.case.TestCase

test_calculate_gc_content()

test_validate_gc_content()

test_validate_gc_content_not_in_range()

Module contents